本校於民國57年創立於斗六市郊，草創之初，篳路襤褸，低窪成澤，端賴歷任校長及全體師生，憑著拓荒精神慘澹經營，並由地方人士鼎力協助，群策群力，胼手胝足，始具規模。民國76年為配合本縣在斗六區爭取設立國立雲林技術學校之施政計畫，另選在斗六市文教九號作為本校遷校用地，於80年3月18日破土動工。新校區面積共3.7895公頃，預定於81年完工。
民國57年(西元1968年)，「九年義務教育」正式施行之首年 。雲林國中為當時雲林縣新設7處國民中學之一，並設置於縣治首善區：斗六，其歷史象徵意義極具指標性。
民國77年因應雲林縣爭取設立「雲林技術學院」，迫使雲林國中舉校遷移。目前位於「雲林科技大學」裡的「雲旭樓及蔣公椰林廣場」亦是民國57年雲林國中創校時期遺存。
雲科大近年來快速發展，而持續興建新穎的校舍建築，則訂於雲旭樓所在地興建台灣文化資產暨綜合教學大樓，而欲拆除雲林科大學校發展歷史重要見證：雲旭樓，興建前開大樓，原於98年6月預計進行拆除工程，民國99年08月30日公告為雲林縣縣定古蹟雲旭樓(原雲林國中校舍)。