本校創立於民國57年（1968年），原址位於斗六市郊。草創之初，環境艱困、設備簡陋，然在歷任校長的卓越領導與全體師生齊心努力下，秉持拓荒精神，克服重重挑戰，並在地方人士鼎力支持下，群策群力，逐步奠定穩固的辦學基礎，使校務規模日臻完備。創校之年正值九年義務教育正式實施，本校亦為當時雲林縣新設七所國民中學之一，設校於縣治核心斗六，具深遠的時代意義與歷史價值。
民國76年，配合縣府推動斗六區設立國立雲林技術學校之整體施政計畫，本校另擇斗六市文教九號作為遷校用地，並於民國80年3月18日正式破土動工。新校區面積約3.7895公頃，校舍空間寬敞、規劃完善。工程期間雖適逢建築產業轉型，造價上揚，導致工程進度一度延宕，所幸在教育部與縣政府全力支持下，透過工程設計調整與預算追加，使工程得以順利推動，最終於民國82年6月底完成遷校，為學校發展開啟嶄新里程。
隨著時代變遷，雲林國中順應教育趨勢，持續精進教學策略。自113學年度起，本校獲縣府指定為雙語學校，透過外籍教師協同教學與多元雙語課程，培養學生英語溝通能力與國際視野，厚植未來競爭力。「常態班」課程規劃多元豐富，從資優課程培育、全國科學競賽參與，到多元社團學習、寒暑假主題體驗營，以及沉浸式外師雙語課程與校外教學活動，致力於在紮實學科學習之外，拓展學生跨域能力與國際視野，豐厚學習歷程，打造亮眼的國中學習履歷。
「音樂班」由專精西樂之術科教師群悉心指導，培養學生音樂演奏與鑑賞能力；「體育班」籃球隊實力堅強，長年深獲地方肯定，游泳隊更能於室內溫水游泳池中全年訓練，持續精進競技表現；「舞蹈班」則連續多年榮獲全國賽特優佳績，亦為縣府大型活動指定演出團隊，表現亮眼。各特色班級皆重視學科與專長並進，協助學生多元發展，開拓更寬廣的升學與生涯進路。
雲林國中擁有經驗豐富、用心投入的教育團隊，並提供安全、舒適且優質的學習環境，期待每一位懷抱夢想的學子加入，於此發掘潛能、綻放光芒，成就屬於自己的璀璨未來。